与塑料档案盒相比，牛皮纸档案盒具有明显的环保优势。塑料难以降解，废弃后会对环境造成长期污染；而牛皮纸可回收利用，符合可持续发展理念。在档案保护方面，牛皮纸档案盒，尤其是无酸纸材质的，能有效防止档案文件受酸性侵蚀，而塑料在某些情况下可能会释放有害气体，对档案产生不利影响。不过，塑料档案盒在防水性和透明度上可能略胜一筹，部分透明塑料档案盒可直观看到内部文件，但这一优势在档案长期保存的需求面前，显得相对次要。
相较于木质档案盒，牛皮纸档案盒更为轻便，便于搬运和整理。木质档案盒虽坚固耐用，但重量较大，且容易受潮变形、生虫。牛皮纸档案盒价格也更为亲民，制作成本相对较低，对于大规模档案管理的机构来说，能节省大量资金。此外，木质档案盒在加工过程中可能会使用胶水等化学物质，若质量不佳，可能会对档案产生潜在危害，而牛皮纸档案盒在这方面相对。